Die Minderbrüder waren bereits in Acquapendente anwesend noch zu Lebzeiten des seraphischen Vaters, des hl. Franziskus, welcher, laut der Geschichte, seine Mitbrüder ebendort zurückließ, als er durch den Ort ging, in einem armen Kloster in der Nähe des Flusses Paglia, bis ihnen 1255 die Kirche S. Maria del Borgo zugesprochen wurde, der später der Titel des heiligen Franziskus hinzugefügt wurde. Diese Kirche besteht noch heute. Im Kloster, das der Kirche angegliedert ist, blühten laut Tossignano und anderen Historikern von Anfang an illustre Ordensleute, Meister der Beredsamkeit. Unter ihnen ragt Pater Tommaso da Acquapendente, Provinzialminister der Römischen Provinz und Apostolischer Pönitentiar unter dem Pontifikat des Papstes Johannes XXII. heraus. Neben den Ordensbrüdern entsteht gleich am Anfang auch der Dritte Orden. 

Es war der Provinzial Pater Tommaso da Acquapendente, der mit dem Beitrag der Bevölkerung 1333 das Kloster der hl. Klara errichtete. Auch Historiker wie Blaeu und De Rossi wiesen auf diese Gründung hin.  Für den Bau des Klosters wurde der Hügel gleich oberhalb der Porta Fiorentina gewählt, der “Die Zitadelle” oder auch “il Poggio del Massaro” genannt wird, wo sich in der Vergangenheit die alte Festung befand. Die Konzessionsurkunde für die Nonnen datiert vom 6. Juni 1333 und ist von Giovanni di S. Teodoro, Kardinal Legat von Papst Johannes XXII, unterzeichnet.

Die erste Gemeinschaft der Klarissen wurde von Nonnen aus den Klöstern von Orvieto und Bagnoregio gebildet, zu denen die lokalen Anwärterinnen hinzukamen. Mit einem “Breve” vom 23. Dezember 1562 stellte der Papst Pius IV. das Kloster Santa Chiara unter die Autorität und den Schutz von Kardinal Sforza, Camerlengo der Heiligen Römischen Kirche.

1810 entließ Napoleon Bonaparte die Nonnen, beschlagnahmt das Kloster und die Kirche, plünderte und verwüstete den dortigen Besitz. Damals wurde das Altarbild gestohlen und das Archiv des Klosters verbrannt. Die Nonnen kehrten 1815 offiziell in das Kloster zurück, aber in Wirklichkeit ist bekannt, dass sie es nie verlassen haben und es schafften, als Laien innerhalb der Heiligen Mauern zu leben. Wir können daher zu Recht von der ununterbrochenen Präsenz der Klarissen seit nunmehr fast 7 Jahrhunderten sprechen.

Die heutige Klostergemeinschaft steht nach mehr als 40 Jahren der Trockenheit am Anfang einer Blüte von Berufungen in den letzten Jahren, mit Gottes Segen, unter dem mütterlichen Blick der Unbefleckten Empfängnis.