Los Frailes Menores ya estaban presentes en Acquapendente, viviendo el seráfico Padre San Francisco, que según la historia, cuando pasó por estos lugares, dejó allí a sus hermanos, en un pobre convento cerca del río Paglia, hasta que en 1255 se les concedió la iglesia llamada S. María del Borgo, a la que más tarde se añadió el título de San Francisco, que todavía existe hoy. En el convento anexo a la Iglesia, desde el principio, según Tossignano y otros historiadores, florecieron religiosos ilustres, maestros de la elocuencia. Entre ellos destaca el Padre Tommaso da Acquapendente, Ministro Provincial de la Provincia Romana y de la Penitenciaría Apostólica bajo el pontificado de Juan XXII. La presencia de los terciarios también aparece desde el principio, junto a los religiosos.
Fue el Padre Provincial, el Padre Tommaso da Acquapendente, quien con la contribución del pueblo construyó el monasterio de Santa Clara en 1333. Este monasterio también es recordado por historiadores como Blaeu y De Rossi. Para la construcción del Monasterio se eligió la colina justo encima de la Porta Fiorentina, llamada “La Cittadella”, o incluso “il Poggio del Massaro”, donde en el pasado se encontraba la antigua fortaleza. El acta de concesión a las monjas está fechada el 6 de junio de 1333 y está firmada por Giovanni di S. Teodoro, cardenal legado de S.S. Giovanni XXII.
La primera comunidad de clarisas estaba formada por monjas de los monasterios de Orvieto y Bagnoregio, a las que se añadieron las aspirantes locales. Con el escrito del 23 de diciembre de 1562, S.S. Pío IV puso el Monasterio de Santa Chiara bajo la autoridad y protección del Cardenal Sforza, Camarlengo de Santa Romana Iglesia.
En 1810, Napoleón Bonaparte despidió a las monjas, usurpando el monasterio y la iglesia, saqueando y devastando la propiedad . El retablo fue robado en ese momento y los archivos del Monasterio fueron quemados. Las monjas volvieron oficialmente al Monasterio en 1815, pero en realidad se sabe que nunca lo abandonaron, logrando vivir como laicos dentro de los muros sagrados. Por lo tanto, podemos hablar con razón de la presencia ininterrumpida de las Clarisas durante casi 7 siglos.
La actual comunidad monástica, después de más de 40 años de aridez, se encuentra en el inicio de un florecimiento de vocaciones en los últimos años, con la bendición de Dios, bajo la mirada maternal de la Inmaculada.
