Les Frères Mineurs étaient déjà présents à Acquapendente, du vivant du Père Séraphique Saint François, qui suivant l’histoire, lorsqu’il passa par ces lieux, y laissa ses confrères, dans un pauvre couvent près du fleuve Paglia, jusqu’à ce qu’en 1255 on leur concéda l’église appelée S. Maria del Borgo, à laquelle fut ajouté plus tard le titre de Saint François. L’église existe encore aujourd’hui. Dans le couvent annexé à l’Église, dès le début, selon Tossignano et d’autres historiens, fleurirent des religieux illustres, maîtres d’éloquence. Parmi eux, on distingue le père Tommaso de Acquapendente, ministre provincial de la province romaine et pénitencier apostolique sous le pontificat de Jean XXII. La présence des tertiaires apparaît également dès le début, aux côtés des religieux.

C’est le père provincial, Tommaso de Acquapendente, qui, avec la contribution de la population, a construit le monastère de Sainte-Claire en 1333. Ce monastère est également rappelé par des historiens tels que Blaeu et De Rossi. Pour la construction du Monastère on a choisi la colline juste au-dessus de Porta Fiorentina, appelé “La Cittadella”, ou même “il Poggio del Massaro”, où dans le passé se trouvait l’ancienne forteresse. L’acte de concession aux religieuses est daté du 6 juin 1333 et est signé par Giovanni di S. Teodoro, cardinal légat de S.S. Jean XXII.

La première communauté de Clarisses fut formée par des religieuses des monastères d’Orvieto et de Bagnoregio, auxquelles se sont ajoutées les aspirantes locales. Avec le Bref du 23 décembre 1562, S.S. Pie IV place le Monastère de Sainte Claire sous l’autorité et la protection du Cardinal Sforza, Camerlingue de la Sainte Eglise Romaine.

En 1810, Napoléon Bonaparte renvoya les religieuses, usurpant le monastère et l’église, pillant et ravageant les biens qui s’y trouvaient. Le retable a été volé à cette époque et les archives du Monastère ont été brûlées. Les religieuses sont officiellement revenues au Monastère en 1815, mais en réalité on sait qu’elles ne l’ont jamais abandonné, parvenant à vivre en laïques à l’intérieur des Murs Sacrés. On peut donc parler à juste titre de la présence ininterrompue des Clarisses depuis près de 7 siècles maintenant.

La communauté monastique actuelle, après plus de 40 ans d’aridité, est au début d’une floraison de vocations ces dernières années, avec la bénédiction de Dieu, sous le regard maternel de l’Immaculée.